Kirchliche Verwaltung (2024):  
Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz (EKBO)
5.1 Reformierter Kirchenkreis Berlin-Brandenburg
5.1.7 Evangelisch-reformierte Kirchengemeinde im Havelland
Diese Kirchengemeinde entstand 2022 durch Fusion der Gemeinden Brandenburg an der Havel und Hohenbruch (Ortsteil der Stadt Kremmen). Die Evangelisch-reformierte Kirchengemeinde Brandenburg wiederum enstand 1835 durch Fusion der französisch- und deutsch-reformierten Gemeinden. Die französisch-reformierte Gemeinde Brandenburg hatte 1687 durch kurfürstliche Verfügung die Johanniskirche als Gotteshaus zugewiesen erhalten.
Pfarrer ist derzeit (2024)  Malte Koopmann in Brandenburg an der Havel.

Das Kirchengebäude wurde 1945 im 2. Weltkrieg durch einen britischen Luftangriff stark beschädigt.  Seit 1968 war die Ruine für den Abriss vorgesehen und wurde daher vernachlässigt. 1985 stürzte das Dach ein. Infolge der politischen Veränderungen in der DDR ab 1989 unterblieb der Abbruch der Kirchenruine. 1991/92 fanden Notsicherungsmaßnahmen (Notdach und ein Innengerüst) statt. Vor der Bundesgartenschau 2015 wurde die Kirchenruine umfangreich saniert und zu einem Veranstaltungsort umgebaut. Es handelt sich nun um eine gestaltete Ruine mit mittelalterlicher Dachkubatur. Die St. Johanniskirche ist Eigentum der Stadt Brandenburg an der Havel. Die Kirchengemeinde nutzt das Gebäude aber nach wie vor, wenn auch nur im Sommer.